中日友好医院是国家卫生健康委员会直属大型综合性三级甲等医院，开放床位2300余张。

集医疗、教学、科研和预防保健等功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家紧急医学救援任务，附设中日友好临床医学研究所，是国家呼吸医学中心、国家中西医结合医学中心，是国家高质量发展试点医院、国家高水平医院临床研究和成果转化能力试点单位，是国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家远程医疗管理与培训中心、国家远程医疗与互联网医学中心、国家基层远程医疗发展指导中心、世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心。