我院始建于1975年，包含福田院区、光明院区、针灸推拿分院、一门诊部和科教中心“一院五区”，下属机构有深圳市国医之窗中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院是全国首批三级甲等中医医院、广州中医药大学非直属附属医院和广州中医药大学第四临床医学院，广东省和深圳市博士后新实践基地、广东省联合培养研究生示范基地、国家博士后科研工作站、国家住院医师规范化培训基地，广东省和深圳市中医专科护士培训基地。

深圳市中医院光明院区计划成为覆盖本地、港澳并辐射整个华南地区的医疗功能完善、中医特色明显、医疗技术先进、医疗环境良好，集医疗、教学、研究、预防、保健、康复、医养结合为一体的国际化大型综合性三级甲等研究型医院及区域性中医医疗中心。深圳市中医院光明院区位于深圳市光明区光侨路与龙大高速交汇处，占地面积1.16万平方米，总建筑面积44.02万平方米，规划床位2000张。2024年3月将全面开放，包括门诊医技楼、内科中心、外科中心、妇儿中心、教学宿舍楼、行政科研楼及会议中心等。