上海市口腔医院始建于1946年，时名上海牙病中心防治所，是上海最早的公立口腔医疗机构。自上世纪50年代起，受上海市卫生健康委员会委托，指导全市口腔病防控工作，拥有全国最完整的口腔公共卫生三级防治网络，是本市口腔科普总召集人单位。1998年更名为上海市口腔病防治院；2015年复旦大学与上海申康医院发展中心签约共建复旦大学附属口腔医院；2021年更名为上海市口腔医院，加挂上海市口腔健康中心牌子；2021年成立复旦大学口腔医学院，依托上海市口腔医院建设。现已成为医疗、教学、科研、预防全面发展，医防融合特色鲜明的口腔医院、口腔医学院、口腔医学研究及口腔健康管理机构。

医院设有北京东路院区、复兴中路院区、浦锦院区、永嘉路门诊部、天津路科研教学中心及建筑面积5万平方米的新院，拥有综合治疗椅580台，病床100张，年门急诊服务量80余万人次，为上海体量最大的口腔医疗中心，是上海市口腔质量控制中心分中心，牵头上海市口腔病防治联合体及复旦大学口腔医疗联合体。